Atrézia konečníka je vrodené vývojové ochorenie, pri ktorom nie je prítomný otvor konečníka v mieste zvieračov na zadku dieťaťa. Hrubé črevo končí slepo vo vnútri v panve nad konečníkom. Niekedy je pri atrézii konečníka prítomná fistula – tenká komunikácia medzi slepo končiacim hrubým črevom, ktorá môže ústiť do oblasti zvieračov, na koži v okolí, na pohlavných orgánoch, do močovej rúry alebo do močového mechúra. V mieste, kde fistula ústi sa môže objaviť stolica. Atrézia konečníka sa diagnostikuje pri prvom vyšetrení dieťaťa hneď po narodení. Za účelom diagnostiky fistuly sa čaká 24 – 48 hod, či sa neobjaví stolica na koži v okolí zvieračov, pohlavných orgánov alebo v moči. Po doplnení predoperačnej diagnostiky a vyšetrení sa pristupuje k operácii.
Ak je prítomná fistula, ktorá ústi do oblasti zvieračov konečníka alebo hrubé črevo konči tesne nad miestom zvieračov, tak sa hneď pri prvej operácii vytvorí „nový“ konečník – neoanus našitím hrubého čreva na novovytvorený otvor na koži v mieste zvieračov konečníka. Väčšinou sa ale atrézia konečníka operuje postupne vo viacerých krokoch. Pri prvej operácii sa vytvorí dočasný vývod hrubého čreva – stómia von na brušnú stenu nad miestom fistuly. Zabráni sa tak tomu, aby sa stolica dostávala fistulou do okolia pohlavných orgánov alebo močových ciest, a aby nevyvolávala infekcie týchto orgánov. Dieťa tak môže byť od 1. pooperačného dňa kŕmené. Stolica odchádza stómiou do nalepeného stomického sáčka na bruchu. Pri druhej operácii sa ranou v strednej čiare na zadku preruší fistula a slepo končiace hrubé črevo sa vyšije do miesta zvieračov konečníka ku koži, čím sa vytvorí neoanus – „nový“ konečník. Dieťa je hneď po operácii normálne kŕmené, pretože stolica odchádza stále do stomického sáčka a neoanus sa zatiaľ môže zahojiť. Po zahojení novovytvoreného konečníka sa pri tretej operácii zruší dočasná stómia – vývod a oba konce čreva sa spolu zošijú. Dieťa je kŕmené od 2. – 3. pooperačného dňa s tým, že stolica už odchádza novovytvoreným konečníkom. Operačná liečba dieťaťa je týmto ukončená do veku jedného roka. Výsledky operácie sú dobré a deti nemávajú problémy s inkontinenciou – udržaním stolice. Výsledkom operácií je obnovenie priechodnosti čreva, novovytvorený konečník a jazva po stómii v ľavom podbrušku.