Granulóm pupka je typický u novorodencov, ale môže sa objaviť aj v neskoršom období. V pupku je prítomná hrčka (gulička), ktorá môže byť kľudná, zapálená alebo môže mokvať s prítomnosťou hnisu. Najčastejšie vzniká granulóm pupka zo zvyškov pupočníka, ktorý neodpadol celý , ale môže vznikať aj pri chronickom zápale spodiny pupka v mieste pôvodného pupočníka. Pri secernácii (mokvaní) granulómu pupka môže byť prítomné ústie fistuly (komunikácie) až na vnútornú stranu brušnej steny v priebehu pupočných ciev. Túto komunikáciu je možné diagnostikovať rtg vyšetrením po podaní kontrastnej látky do ústia fistuly.
Deti sa liečia ambulantne lokálnym ošetrovaním granulómu pupka (hrčky) lapisom (AgNO3) alebo ligatúrou (stehom) na spodinu granulómu ak je stopkatý. Takáto liečba je vo väčšine prípadov dostatočná. Pri pretrvávaní ťažkostí alebo pri prítomnosti fistuly – komunikácie na vnútornú stranu brušnej steny je nutná operácia.
Pri operácii v celkovej anestéze sa rana vedie cez pupok. Niekedy je nutné ranu rozšíriť smerom dolu. Fistula sa pred začatím operácie nesonduje hadičkou a odstráni sa v celom rozsahu. Kvôli prevencii pred infekciou rany sa operácia vykonáva pod antibiotikami. Operácia trvá približne 1 hodinu a výsledkom je jazva v pupku alebo malá jazva pod pupkom. Dieťa môže prijímať stravu cca 4 hodiny po operácii a pri nekomplikovanom priebehu je prepustené domov na 1.-2. pooperačný deň.